مترونیدازول در درمان عفونت های بی هوازی ( از جمله عفونت های دندان ) ریشه کنی هلیکوباکترپیلوری و عفونت های تک یاخته ای مصرف می شود. این دارو در درمان واژینوز باکتریایی ناشی از هموفیلوس یا گاردنلا یا کورینه باکتریوم، واژینیت غیر اختصاصی و واژینوز بی هوازی مصرف می شود.