آمفوتریسین B در درمان آسپرژیلوز، بلاستومیکوز، کاندیدیازمنتشر،کوکسیدیوئیدومیکوز، پاراکوکسیدیومیکوز، کریپتوکوکوز، اندوکاردیت قارچی، کاندیدیاز داخلی چشم، هیستوپلاسموز، سالک، مننژیت قارچی، موکورمیکوز، سپتی سمی قارچی، اسپوروتریکوز منتشر، عفونت های قارچی دستگاه ادراری و مننگوآنسفالیت آمیبی اولیه مصرف می شود. آمفوتریسین B معمولاً داروی انتخابی در درمان عفونت های قارچی مانند اندوکارویت، مننژیت، پریتونیت یا عفونت های شدید مجرای تنفسی است. این دارو همراه با فلوسیتوزین در درمان عفونت های شدید مصرف می شود.
